La première guerre civile de la chouannerie éclata alors. Les Blancs, conduits par Louis de Frotté et le taillandier de Saint-Jean-des-Bois Michelot Moulin, et les Bleus dont le leader dans la région était le Carneillais Charles Bertrand l'Hodiesnière, l'ancien conventionnel régicide. Aubusson n'échappa pas à ce cruel conflit puisqu'un de ses habitants, le maréchal-ferrant François Madeleine, fut fusillé, suite à l'engagement de son fils dans les bandes de chouans, par les Républicains en 1796.

Les volontaires pour exercer les fonctions municipales n'étaient pas, dans ce contexte, nombreux. Aussi la Convention thermidorienne supprima-t-elle les municipalités des communes de moins de 5000 habitants pour les remplacer par des municipalités de canton où siègeait, pour chacune des communes, un agent communal élu par les citoyens. Aubusson désigna le tisserand Charles Callais qui, après plusieurs semaines d'hésitation, accepta finalement, et il siégea à La Carneille-le chef-lieu de canton y ayant été transféré à la fin de 1793 en raison de l'esprit contre-révolutionnaire qui régnait à Flers-de 1796 à 1800.